La baisse artificielle du niveau de l’eau a causé les modifications considérables des indices morphométriques, hydrophysiques, hydrochimiques et hydrobiologiques du lac. Notamment:

• hausse de la température moyenne de l’eau (de 2-3°C) et du fond du lac
• réduction considérable du volume de l’hypolimnion (la couche thermique la plus profonde d’un lac) et sa disparition presque totale dans le Grand Sévan
• diminution de la diaphanéité moyenne du lac (degré de pénétrabilité des rayonnes du soleil/indice caractérisant la profondeur)
• réduction de la concentration d’oxygène dissous dans l’eau, surtout dans l’hypolimnion
• réduction de la concentration de phosphore, augmentation de la concentration d’azote, de carbone organique (on constate un déséquilibre des éléments chimiques)

On enregistre les modifications des indices hydrobiologiques suite à la perturbation de l’écosystème naturel du lac Sévan.

• Réduction de la couche et de la biomasse des macrophytes (plantes supérieures aquatiques, facteur important de l’autoépuration des eaux du lac)
• Augmentation de la concentration de phytoplanctons, zooplanctons et bactérioplanctons
• Réduction de l’activité des bactéries hétérotrophes (bactérie hétérotrophe est un facteur important de l’autoépuration des eaux du lac) ce qui a provoqué l’intensification de la prolifération des organismes biologiques polluant l’eau, par exemple la prolifération des cyanobactéries (des colonies d’organismes bactériens unicellulaires, pluricellulaires (filiforme) entraînant la pollution des eaux)
• Réduction de la quantité de poissons (conditionnée également par la surpêche), les réserves de poissons sont presque disparues, pour certaines variétés endémiques la disparition est irréversible

La baisse du niveau du lac Sévan et la diminution de la superficie du lac ont entrainé la réduction de plusieurs espèces d’oiseaux endémiques et migrateurs, ainsi que la modification de leurs variétés.

En général, le statut oligotrophe du lac (relativement pauvre en éléments nutritifs) s’est transformé en mésotrophe (étape transitoire) et eutrophe (relativement riche en éléments nutritifs). Actuellement le lac Sévan se trouve en état mésotrophe.

Durant la dernière décennie à partir de 2002, le niveau du lac Sévan s’est élevé de quelque 3.5 m grâce aux mesures entreprises. Malheureusement les terres submersibles n’ont pas été nettoyées et préparées à la submersion. Par conséquent plusieurs milliers d’hectares de forêts et de buissons se trouvant au bord du lac sont submergés. Actuellement les forêts submergées sont devenues un facteur négatif considérable influençant l’écosystème du lac. La biomasse des forêts submergées remplit l’eau du lac à la suite de dégradation d’une grande quantité des substances biogènes: carbone organique, azote, phosphore etc. qui provoquent l’eutrophisation du lac.

La qualité de l’eau est altérée par le flux incontrôlé des eaux usées domestiques provenant des sites résidentiels du bassin du lac Sevan. Sur une dizaine de villes et villages se trouvant dans le bassin du lac, les stations d’autoépurations des eaux usées ont été construites seulement dans trois villes (Gavar, Martouni, Vardénis). Les systèmes d’épuration manquent également dans les sites récréotouristiques de la région.

Le rejet incontrôlé des ordures ménagères et des déchets des sites résidentiels du bassin du lac ont un effet néfaste sur l’écosystème et la qualité des eaux du lac. Les décharges publiques à gestion centralisée manquent au bassin du lac Sevan, ce qui explique l’existence de plusieurs tassements d’ordures ménagères dispersées dans les territoires attenants au lac. Les déchets industriels et les ordures ménagères se jettent essentiellement dans les rivières et ruisseaux. Les débris des déchets et des ordures pris par le courant des rivières et des flux provoqués par des précipitations apparaissent dans les eaux du lac. En outre, on constate souvent des cas, lorsque les déchets sont directement jetés dans le lac.

L’écosystème du lac Sevan subit également un certain impact négatif dû à l’agriculture et à l’élevage, qui polluent l’eau par les rejets des déchets et les eaux usées industrielles. Par rapport aux années soviétiques, on enregistre une nette diminution de la superficie des terrains cultivés par irrigation, de l’utilisation des engrais, ainsi qu’une réduction du nombre d’exploitations d’élevage des bovins, ce qui affaiblit considérablement la pression négative sur l’écosystème du lac. Néanmoins, elle continue d’être préoccupante, surtout en raison du manque des hautes technologies.

L’écosystème du lac Sevan subit l’impact négatif de l’industrie minière fonctionnant dans le bassin du lac (par ex. les mines d’or de Sotk et les mines de chrome de Chorja.)

Les petites centrales hydroélectriques, construites sur plus de 10 rivières alimentant le lac se répercutent négativement sur l’écosystème aquatique du lac Sévan. Les centrales hydroélectriques déséquilibrent l’écosystème des rivières, les régimes aquatiques.