Ջրի մակարդակի արհեստական իջեցման հետևանքով տեղի ունեցան լճի մորֆոմեթրիկ, ջրաֆիզիկական, ջրաքիմիական և ջրակենսաբանական ցուցանիշերի էական փոփոխություններ: Մասնավորապես՝

• բարձրացել են ջրի (2-3°C-ով) և հատակի միջին ջերմաստիճանները
• զգալիորեն կրճատվել է լճի հիպոլիմնիոնի (մերձհատակային շերտ) ծավալը, իսկ Մեծ Սևանում այն համարյա անհայտացել է
• նվազել է ջրի միջին լուսաթափանցելիությունը (արևային ճառագայթների թափանցելիության աստիճանը/խորությունը բնութագրող ցուցանիշ)
• նվազել է ջրում լուծված թթվածնի կոնցենտրացիան՝ հատկապես մերձհատակային շերտում
• նվազել է ֆոսֆորի կոնցենտրացիան, աճել են ազոտի, օրգանական ածխածնի կոնցենտրացիաները (ավազանում շեղվել է տարրերի հավասարակշռությունը)

Սևանա լճի էկոհամակարգի բնականոն վիճակի խաթարման արդյունքում տեղի են ունեցել հիդրոկենսաբանական ցուցանիշների փոփոխություններ.

• կրճատվել է մակրոֆիտների (ջրային բարձրակարգ բույսեր) շերտը և կենսազանգվածը (մակրոֆիտները լճի ջրերի ինքնամաքրման կարևոր գործոն են)։
• բարձրացել են ֆիտոպլանկտոնի, զոոպլանկտոնի և բակտերիոպլանկտոնի կոնցենտրացիաները։
• հետերոտրոֆ բակտերիաների (հետերոտրոֆ բակտերիաները լճի ջրերի ինքնամաքրման կարևոր գործոն են) ակտիվությունը նվազել է` նպաստելով ջրի աղտոտմանն առաջացնող կենսաբանական օրգանիզմների աճի ինտենսիվացմանը, օրինակ` ցիանոբակտերիաների (միաբջիջ, բազմաբջիջ (թելաձև) և գաղութային օրգանիզմենր են, նպաստում են ջրի աղտոտմանը) զանգվածային աճին:
• նվազել է ձկների քանակը՝ (ձկների քանակի նվազումը պայմանավորված է նաև գերորսով), ձկնապաշարը գրեթե անհետացել է, որոշ էնդեմիկ տեսակներ անհայտացել են անդարձելի։

Սևանա լճի մակարդակի իջեցման հետևանքով ափային գծի և լճի հայելու մակերեսի կրճատումները հանգեցրել են մի շարք էնդեմիկ և չվող թռչունների տեսակների կրճատմանը, թռչունների տեսակային կազմի փոփոխությանը:

Ընդհանուր առմամբ լճի տրոֆիկ ստատուսը օլիգոտրոֆից (համեմատաբար աղքատ են սննդարար նյութերով) փոխվել է մեզո- (անցումային էտապ) և էվտրոֆ (համեմատաբար հարուստ են սննդարար նյութերով) ուղղությամբ: Սևանա լիճը ներկայումս գտնվում է մեզոտրոֆ վիճակում։

Սևանա լճի մակարդակի բարձրացման հետևանքով ջրածածկ եղած անտառներ և թփուտներ։

Վերջին տասնամյակում սկսած 2002 թվականից Սևանա լճի մակարդակը ձեռնարկված միջոցառումների արդյունքում բարձրացել է մոտ 3,5 մետրով։ Ցավոք ջրածածկվող տարածքները ժամանակին չմաքրվեցին և չնախապատրաստվեցին ջրածածկմանը։ Այդ պատճառով ջրածածկ են եղել հազարավոր հեկտար ափամերձ անտառներ և թփուտներ։ Ներկայումս նշված ջրածածկ անտառները դարձել են Սևանա լճի էկոհամակարգի վրա ազդող բացասական էական գործոն։ Ջրածածկ անտառների կենսազանգվածից (քայքայման, լուծահանման, տարալուծման հետևանքով) լճի ջրեր են լուծահանվում մեծ քանակությամբ կենսածին նյութեր՝ օրգանական ածխածին, ազոտ, ֆոսֆոր և այլն, որոնք խթանում են լճի ճահճացման պրոցեսը։

Բնակավայրերի կենցաղային աղբով և կոյուղաջրերով աղտոտված Գավառագետը։

Լճի ջրերի որակի վրա բացասական ներգործություն ունեն լճի ավազանի բնակավայրերի կոմունալ-կենցաղային կեղտաջրերի անարգել հոսքը դեպի լիճ։ Ավազանի տասնյակ բնակավայրերից միայն 3 (Գավառ, Մարտունի, Վարդենիս) բնակավայրերում է կառուցվել կոմունալ-կենցաղային կեղտաջրերի (մեխանիկական) մաքրման կայան։ Մաքրման համակարգեր չունեն նաև ամբողջ մերձափնյա տարածքում գտնվող տուրիստական և ռեկրեացիոն օբյեկտները։

Կենցաղային աղբով աղտոտված լճափեր։

Լճի էկոհամակարգի և ջրերի որակի վրա բացասական ներգործություն ունեն լճի ավազանի բնակավայրերի կենցաղային աղբի և թափոնների անկառավարելի արտանետումները։ Լճի ավազանում բացակայում են կառավարվող կենտրոնացված աղբավայրերը։ Այդ պատճառով ավազանում առաջացել են աղբի կուտակման բազմաթիվ վայրեր և ցրված աղբակույտեր։ Բնակչությունը և տնտեսվարողները աղբը թափում են անկազմակերպ, հիմնականում գետերի ու առուների հուների մեջ։ Գետերի ջրերի և տեղումներից առաջացող հոսքաջրերի միջոցով աղբի մնացորդները ափամերձ գոտիներից լվացվում են դեպի լիճ և վերջիվերջո հայտնվում են լճի ջրերում։ Հաճախակի են նաև աղբի և թափոնների ուղղակի արտանետումները լճի մեջ։

Անասնապահական թափոնների կուտակում ափամերձ գոտում, Լիճքի մոտ։

Սևանա լճի ջրային էկոհամակարգի վրա որոշակի բացասական ներգործություն ունեն նաև ավազանի գյուղատնտեսությունը և անասնապահությունը, որոնց արտանետումներն ու կեղտաջրերը նույնպես ներհոսում են լիճ։ Համեմատած խորհրդային տարիների հետ ջրովի վարելահողերի մակերեսը, պարարտանյութերի օգտագործումը, անասնապահական խոշոր տնտեսությունների թիվը նվազել են։ Այդ պատճառով գյուղատնտեսության և անասնապահության արտանետումների ճնշումը լճի էկոհամակարգի վրա զգալիորեն նվազել է։ Այնուամենայնիվ գյուղատնտեսության և անասնապահության արտանետումների ճնշումը լճի էկոհամակարգի վրա, հատկապես ժամանակակից տեխնոլոգիաների բացակայության հետևանքով, դեռևս զգալի է։

Ոսկու արդյունահանումը Սոթքի հանքավայրում («GeoproMining Gold» ընկերություն) Սևանի ավազանում։

Սևանա լճի ջրային էկոհամակարգի վրա բացասական ներգործություն ունի ավազանի հանքարդյունաբերությունը (օրինակ, Սոթքի ոսկու և Շորժայի քրոմի հանքավայրերը)։

Մասրիկ գետի հունը միջին հոսանքում։ Այրղ գյուղի փոքր հէկ-ի ջրառի հետևանքով գետը լիովին ցամաքել է։

Սևանա լճի ջրային էկոհամակարգի վրա բացասական ներգործության ունեն նաև լիճը սնուցող մոտ 10 գետերի վրա կառուցված փոքր ՀԷԿ-երը, որոնց պատճառով խախտվել են գետերի էկոհամակարգերը, ջրային ռեժիմները։